Do Học Viện có hai cơ sở đào tạo: nên mỗi cơ sở đào tạo có một khoa riêng. Khoa đánh số 1 là Khoa thuộc cơ sở đào tạo phía Bắc và Khoa đánh số 2 là Khoa thuộc cơ sở đào tạo phía Nam. Vị trí và vai trò của Khoa 1 và 2 là ngang nhau.

• Khoa Cơ bản 1 & 2
• Khoa Công nghệ thông tin 1 & 2 (đào tạo ngành Công nghệ thông tin, An toàn Thông tin)
• Khoa Kỹ thuật điện tử 1 & 2 (đào tạo ngành Điện - Điện tử)
• Khoa Viễn thông 1 & 2 (Đào tạo ngành kỹ thuật Điện tử - Viễn thông và ngành công nghệ Internet vạn vật (từ năm 2019))
• Khoa Quản trị kinh doanh 1 & 2 (đào tạo ngành Quản trị Kinh doanh, Thương mại Điện tử)
• Khoa Tài chính - Kế toán (đào tạo Ngành Kế toán)
• Khoa Đa phương tiện (đào tạo ngành Công nghệ Đa phương tiện, Truyền thông Đa phương tiện)
• Viện Kinh tế Bưu điện - Bộ môn Marketing (đào tạo Ngành Marketing với các chuyên ngành Phân tích Dữ liệu Marketing số, Internet Marketing, Truyền thông Marketing)
• Khoa Đào tạo Sau Đại học: Chỉ có ở cơ sở đào tạo phía Bắc. Bộ phận sau đại học của Học Viện Cơ Sở phía Nam do phòng Đào Tạo và Khoa Học Công Nghệ quản lý.